En total son ocho criptas y una capilla.
Cripta de los fundadores: Es la más antigua. Está situada debajo de la capilla imperial. Es una estancia oscura, baja. Se comunica por la próxima cripta por un pasillo abovedado cerrado por una reja.
Cripta de Leopoldo: Fue construida en 1657 bajo el mandato de Leopoldo I, y ampliada el año 1700. Cuatro pilares dividen la estancia en tres naves con tres arcos cada una. . Estos arcos al unirse con las pilastras de los muros forman bóvedas de crucería. . En el muro frontal se encuentran doce nichos con sarcófagos infantiles.









